1	#Region "Microsoft.VisualBasic::7832f705d2d954f961650e5493d73356, Microsoft.VisualBasic.Core\Scripting\MetaData\Cite.vb"
2
3	' Author:
4	'
5	'       asuka (amethyst.asuka@gcmodeller.org)
6	'       xie (genetics@smrucc.org)
7	'       xieguigang (xie.guigang@live.com)
8	'
9	' Copyright (c) 2018 GPL3 Licensed
10	'
11	'
12	' GNU GENERAL PUBLIC LICENSE (GPL3)
13	'
14	'
15	' This program is free software: you can redistribute it and/or modify
16	' it under the terms of the GNU General Public License as published by
17	' the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
18	' (at your option) any later version.
19	'
20	' This program is distributed in the hope that it will be useful,
21	' but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
22	' MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
23	' GNU General Public License for more details.
24	'
25	' You should have received a copy of the GNU General Public License
26	' along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
27
28
29
30	' /********************************************************************************/
31
32	' Summaries:
33
34	'     Class Cite
35	'
36	'         Properties: Abstract, AuthorAddress, Authors, DOI, ISSN
37	'                     Issue, Journal, Keywords, Notes, Pages
38	'                     PubMed, StartPage, Title, URL, Volume
39	'                     Year
40	'
41	'         Constructor: (+2 Overloads) Sub New
42	'         Function: __formatAbstractPreview, (+2 Overloads) GetCiteList, HTML, ToString
43	'
44	'
45	' /********************************************************************************/
46
47	#End Region
48
49	Imports System.Reflection
50	Imports System.Text
51	Imports System.Text.RegularExpressions
52	Imports Microsoft.VisualBasic.Linq.Extensions
53
54	Namespace Scripting.MetaData
55
56	''' <summary>
57	''' EndNote tags
58	''' </summary>
59	<AttributeUsage(AttributeTargets.Module Or AttributeTargets.Method Or AttributeTargets.Class, AllowMultiple:=True, Inherited:=True)>
60	Public Class Cite : Inherits Attribute
61
62	''' <summary>
63	''' author(eMail);author(eMail)
64	''' </summary>
65	''' <returns></returns>
66	Public Property Authors As String
67	Public Property Year As Integer
68	Public Property Title As String
69	Public Property Journal As String
70	Public Property Volume As Integer
71	Public Property Issue As String
72	Public Property Pages As String
73	Public Property StartPage As Integer
74	''' <summary>
75	''' ISSN_1; ISSN_2; ISSN_3
76	''' </summary>
77	''' <returns></returns>
78	Public Property ISSN As String
79	Public Property DOI As String
80	Public Property PubMed As Integer
81	Public Property Keywords As String
82	''' <summary>
83	''' 文章的摘要，可以使用&lt;p>或者&lt;br/>来进行分段
84	''' </summary>
85	''' <returns></returns>
86	Public Property Abstract As String
87	Public Property Notes As String
88	Public Property URL As String
89	Public Property AuthorAddress As String
90
91	''' <summary>
92	''' %x 是文章的摘要，可以使用&lt;p>或者&lt;br/>来进行分段
93	''' </summary>
94	''' <param name="EndNoteImports"></param>
95	''' <remarks>
96	''' %A Griffiths-Jones, Sam
97	''' %A Bateman, Alex
98	''' %A Marshall, Mhairi
99	''' %A Khanna, Ajay
100	''' %A Eddy, Sean R.
101	''' %T Rfam: an RNA family database
102	''' %0 Journal Article
103	''' %D 2003
104	''' %8 January 1, 2003
105	''' %J Nucleic Acids Research
106	''' %P 439-441
107	''' %R 10.1093/nar/gkg006
108	''' %V 31
109	''' %N 1
110	''' %U http://nar.oxfordjournals.org/content/31/1/439.abstract
111	''' %X Rfam Is a collection of multiple sequence alignments And covariance models representing non-coding RNA families. Rfam Is available on the web in the UK at http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/ And in the US at http://rfam.wustl.edu/. These websites allow the user to search a query sequence against a library of covariance models, And view multiple sequence alignments And family annotation. The database can also be downloaded in flatfile form And searched locally using the INFERNAL package (http://infernal.wustl.edu/). The first release of Rfam (1.0) contains 25 families, which annotate over 50 000 non-coding RNA genes in the taxonomic divisions of the EMBL nucleotide database.
112	''' </remarks>
113	Sub New(EndNoteImports As String)
114	Dim lines As String() = EndNoteImports.LineTokens
115	Dim dict As Dictionary(Of String, String()) = (From line As String In lines
116	Where Not String.IsNullOrWhiteSpace(line)
117	Let flag As String = line.Split.First
118	Let value As String = Mid(line, Len(flag) + 1).Trim
119	Select flag, value
120	Group By flag Into Group) _
121	.ToDictionary(Function(x) x.flag,
122	Function(x) x.Group.Select(Function(xx) xx.value).ToArray)
123	Authors = dict.TryGetValue("%A").JoinBy("; ")
124	Title = dict.TryGetValue("%T", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
125	DOI = dict.TryGetValue("%R", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
126	Year = CInt(Val(dict.TryGetValue("%D", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault))
127	Pages = dict.TryGetValue("%P", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
128	Journal = dict.TryGetValue("%J", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
129	Volume = CInt(Val(dict.TryGetValue("%V", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault))
130	URL = dict.TryGetValue("%U", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
131	Abstract = dict.TryGetValue("%X", [default]:=New String() {}).FirstOrDefault
132	End Sub
133
134	Sub New()
135	End Sub
136
137	Public Overrides Function ToString() As String
138	Return $"{Authors}, {Title}, {Journal}. {Volume} ({Issue}) ({Year}) {Pages}."
139	End Function
140
141	Public Shared Function GetCiteList(Of T)() As Cite()
142	#If NET_40 = 0 Then
143	Dim typeDef As Type = GetType(T)
144	Dim attrs = typeDef.GetCustomAttributes(Of Cite)(inherit:=True)
145	Return attrs
146	#Else
147	Throw New NotSupportedException
148	#End If
149	End Function
150
151	Public Shared Function GetCiteList(typeDef As Type) As Cite()
152	#If NET_40 = 0 Then
153	Dim attrs As Cite() = typeDef.GetCustomAttributes(Of Cite)(inherit:=True)
154	Return attrs
155	#Else
156	Throw New NotSupportedException
157	#End If
158	End Function
159
160	Public Function HTML(absLen As Integer) As String
161	Dim htmlBuilder As StringBuilder = New StringBuilder(1024)
162
163	Call htmlBuilder.Append($"<i>{Authors}</i>.({Year}). ""<strong>{Title}</strong>"", {Journal}. <strong>{Volume}</strong>({Issue}) {Pages}.")
164	Call htmlBuilder.AppendLine($"<p><pre>{Me.__formatAbstractPreview(absLen)}</pre></p>")
165	Call htmlBuilder.AppendLine("<font size=""2"">")
166	Call htmlBuilder.AppendLine($"<p><font size=""2""><strong>Keywords: </strong> <i>{Keywords}</i><br /></font></p>")
167	Call htmlBuilder.AppendLine($"<p><font size=""2""><strong>Author Contacts: </strong>  {AuthorAddress}</font></p>")
168	Call htmlBuilder.AppendLine("<i>")
169	If Not String.IsNullOrEmpty(DOI) Then
170	Call htmlBuilder.AppendLine($"<li>DOI: <a href=""http://doi.org/{DOI}"">{DOI}</a></li><br />")
171	End If
172	If Not PubMed = 0 Then
173	Call htmlBuilder.AppendLine($"<li>PMC FullText: <a href=""http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/{PubMed}"">{PubMed}</a></li>")
174	End If
175	Call htmlBuilder.AppendLine("
176	</i>
177	</font>")
178
179	Return htmlBuilder.ToString
180	End Function
181
182	''' <summary>
183	''' 摘要可能会有空值的
184	''' </summary>
185	''' <param name="absLen"></param>
186	''' <returns></returns>
187	Private Function __formatAbstractPreview(absLen As String) As String
188	If String.IsNullOrEmpty(Abstract) Then
189	Return ""
190	End If
191
192	Dim Tokens As String() = Regex.Split(Abstract.Replace(vbCr, "").Replace(vbLf, " ").Replace("  ", " "), "<p>", RegexOptions.IgnoreCase Or RegexOptions.Singleline)
193	Tokens = (From s As String In Tokens Select Regex.Split(s, "<br/>", RegexOptions.Singleline Or RegexOptions.IgnoreCase)).ToArray.ToVector
194	Dim sbr As StringBuilder = New StringBuilder(1024)
195
196	For Each s As String In Tokens
197	Call StringHelpers.Parts(s, absLen, sbr)
198	Call sbr.AppendLine(" ")
199	Next
200
201	Return sbr.ToString
202	End Function
203	End Class
204	End Namespace